Cada una de las salas del museo es una propuesta para recorrer de forma transversal diversos aspectos de Andalucía, como puede ser el ámbito medioambiental o paisajístico, con la presencia y estructura orográfica de Sierra Morena, la Depresión del Guadalquivir y los Sistemas Béticos; los protagonistas de la historia, tanto los gobernantes como la gente del pueblo, que tuvieron un papel activo en esa transformación; la presencia de civilizaciones que dieron lugar a una cultura y una identidad compartida; la evolución de la administración territorial, los procesos electorales, etc. La aproximación a estos contenidos y al proceso de Andalucía para llegar a constituirse en Autonomía constituyen una búsqueda a través de recursos audiovisuales e interactivos como el atlas, los estratos de la memoria, y las ventanas o los protagonistas de la historia.
